随后两年，他开始深入研究圣经，写了3000页未曾发表的注释，并为以后的写作建立了详细的圣经索引，还完善了希伯来文和希腊文知识，以便回到圣经原文。事实上，他还重新翻译了新旧约许多经卷。
1749年，他正式出版第一部神学大作《属天的奥秘》。从此，天启源源不断地从他的笔端流出。通常情况下，他匿名发表著作，为出版投入大量资金，并将书籍匿名赠送给神职人员、大学及图书馆。
从1744年左右灵魂开始觉醒，到1749年第一本神学著作面世，其间的经历不是一帆风顺的。虽然他已开始研究圣经，但其中的深意并不是一次向他敞开的。事实上，他对创世记前后做过三次注释。
第一次的成果是1745年秋完成的一篇论文，题为《摩西所讲述的创世记》，所关注的只是圣经的字面含义与他所构想的宇宙全景的关系。第二次的成果是1747年2月所完成的《破解圣经》，将创世记的故事应用于犹太民族，认为从“内在历史意义”上说，它是描述犹太教会的历史并基督再临的预言。
第三次的成果即《属天的奥秘》，逐节解释了创世记和出埃及记的内在“灵义”，指出从灵义上说，创世记的故事是描述天堂在人心里降临的过程，也就是人灵性重生的过程，故称之为“属天的奥秘”。
从《梦日记》我们看到了他灵性不断重生的过程，从《灵界经历》我们看到了他在灵界漫游的经历。随着灵性的重生和灵界经历的扩展，史威登堡对圣言的灵义逐渐有了清晰的认识，《破解圣经》是他终于有资格解释圣言的一个过渡。
写这本书的时候，他已能看见圣言的灵义，只是比较模糊，仿佛是“透过屏幕”观看。“这些字我还不是很明白。” “这句话的意思还不明朗。” “这些字我不明白，只好略过；我从未如此不安和困惑。”
他原打算出版这本著作。他在书中再三提到“当出版的时候”。当中的灵界经历他却没有打算出版，那些段落都是以缩进的格式记录的。他估计这本著作不会受到学术界的欢迎——“当他们的理论受到了驳斥，他们一定会愤愤不平”。他估计，“一旦这些人听说通往天堂的路是在人心里，而不在人的感官”，他们一定会斥其为无稽之谈。
但是对史威登堡本人来说，他的灵界经历是确切无疑的——“基督亲自将我引入灵界，当我写这些东西的时候也未曾间断。我郑重声明这些都是事实，免得人们将我的陈述视为无稽之谈”。（《破解圣经》2162，475）
史威登堡已开始自由出入灵界，他身边的朋友是否注意到他的变化，甚至怀疑他精神错乱了呢？1746年1月他写道：“与灵人开始交往以来，我在本国与朋友相处有五个月的时间。我和从前一样与他们来往，谁也不曾注意到我与天堂的交流。在人群当中，我有时也与灵人说话……这些时候，他们只是认为我走神了而已。”（《破解圣经》943，1003，3347）
1747年春，皇家矿务局理事长退休了，局内成员一致推荐史威登堡接替理事长的职位。但史威登堡有他个人的打算。他给国王写信，希望由其它成员接替理事长的职位，因为他有必要再次旅行国外，以便完成手头的著作，愿国王能批准他留半薪退休。
国王准了他的申请，因他相信史威登堡的新作必能像从前一样为瑞典的福祉做贡献。当矿物局的委员听说国王批准了他退休的申请时，都为失去这样一位劳苦功高的同仁感到遗憾，并希望他继续参加矿务局的会议，直到由他经手的事务全部落实。对此，史威登堡欣然表示同意。此后，他继续参加了五次会议。
1747年6月17日，史威登堡第六次旅行前夕，他向矿务局的同仁辞行，感谢他们多年来对他工作的支持和关怀，希望他们的友情能永远常新。矿务局也感谢史威登堡在工作上始终尽职尽责，并祝他一路顺风，平安归来。
当史威登堡到达荷兰以后，他的计划却突然改变了，著作并没有发表。他改变主意的原因，很可能是当他到达荷兰以后，灵性经历了一次明显的提升。
1747年8月7日他写道：“我的内在状态发生了变化，在异象中被提到了属天的国。”经历灵性提升以后，史威登堡对圣言的灵义有了更深入的认识，发现以前所作的解释是不完全的。1747年12月，他开始写《属天的奥秘》，1748年6月完成首卷。
1748年秋，史威登堡离开荷兰，前往伦敦出版他的新作。翌年夏天，《属天的奥秘》首卷在伦敦面世。六百四十页四开本的著作只售六先令，这在当时是非常低的价格。出版商在广告中说：“著作以非常隆重而精美的方式印刷，而慷慨的作者却不折不扣地要求只售这个价钱，因为为开创他的崇高事业，他既不缺乏资金，也不缺乏精力。” |
